В с. Зилаир ведутся реставрационные работы в Преображенской церкви. Сейчас реставраторы намерены вернуть храму его исторический облик.
Работы начались с комплексного научного исследования. Специалисты из отдела историко-архитектурного наследия НПЦ подготовили научно-проектную документацию. Проект реставрации, разработанный совместно с ООО «Росстань», получила положительное заключение государственной историко-культурной экспертизы. Средства для восстановления храма выделены в рамках проекта «Единой России» «Историческая память».
Сведения о времени строительства первой церкви в с. Преображенском несколько разнятся. Так, Н. Чернавский указывает дату 1761 года; по данным П. И. Рычкова, деревянная церковь Преображения Господня существовала при заводе уже в 1760 году.
31 июля 1748 года И. В. Твердышев, уже владевший к этому времени Воскресенским заводом, получил дозволение на строительство второго медеплавильного завода, первая плавка на котором состоялась 18 сентября 1750 года. Одновременно при заводе возникает село Преображенское (ныне с. Зилаир), заселенное покупными крестьянами.
Сохранилось упоминание о том, что во время владения П. Гусятниковым заводом (после 1789 года) была построена деревянная церковь и рядом с ней часовня. По-видимому, речь идет о строительстве второй церкви – вместо сгоревшей, или пришедшей в ветхость первой.
Между 1837 и 1846 годах (точная дата не установлена) хозяином завода становится М. В. Пашков. В период его владения (М. В. Пашков умер в 1863 году) и была построена каменная церковь, дошедшая до наших дней. Стилевые признаки позволяют датировать ее первой половиной XIX века. Большую роль в обустройстве храма сыграла сестра М. В. Пашкова, имя которой не упоминается. Ею были приглашены художники, расписавшие интерьер, создан церковный хор. Центральный колокол, весом 246 пудов, был отлит на заводе местными мастерами.
Каменная церковь, дошедшая до наших дней, сооружена при заводовладельце М. В. Пашкове (умер в 1863 году). Храм действовал до 1938 года, когда служба была запрещена (санкция Президиума Верховного Совета БАССР о его закрытии последовала в 1940 году). В начале 1946 года местные верующие обратились к уполномоченному Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете Министров СССР Н. Козлову с ходатайством об открытии церкви, которое было удовлетворено 21 августа 1946 года. 23 ноября того же года был заключен договор о передаче в пользование прихода церковного здания и культового имущества. В это время в здании церкви не было потолочного перекрытия, каменные полы, оконные и дверные косяки были повреждены.
9 декабря 1961 года секретарь Зилаирского райкома КПСС П.Сырцов от имени 250 делегатов обратился с письмом в Совет Министров БАССР с просьбой расторгнуть договор с религиозным обществом и вернуть здание для использования его под здание кинотеатра. По решению правительства республики от 28 июня 1961 года церковь перестала функционировать, в начале 1963 года церковная утварь (более 100 едениц) была передана в распоряжение Зилаирского сельского совета. До 1989 года в церкви располагался кинотеатр «Космос».
Постановлением Совета Министров СССР от 23 октября 1989 года здание было возвращено общине верующих.
Спасо-Преображенский храм (Преображенская церковь) в Зилаире — точная копия, но только уменьшенная, Спасо-Преображенского храма Александро-Невской лавры в Петербурге, основанной в 1710 году в память победы Александра Невского над шведами.
Храм, построенный в стиле классицизма, является памятником православной культовой архитектуры.